او در روزهایی رئیس فدراسیون شد که این فدراسیون مدت‌ها بدون داشتن رئیس به کار خود ادامه می‌داد و بحث تعلیق فوتبال ایران، به معضلی بزرگ در میان اهالی فوتبال تبدیل شده بود.
بحث دخالت سازمان تربیت بدنی در جدایی محمد دادگان و اشکالی که فیفا گرفته بود، گرچه با تشکیل کمیته انتقالی رفع شد اما با حضور محمد علی‌آبادی (رئیس وقت سازمان ورزش) در انتخابات ریاست فدراسیون نزدیک بود بار دیگر پرونده ایران به جریان بیفتد. علی‌آبادی البته از چرخه انتخابات فوتبال کنار کشید و با انصراف شاهرخ شهنازی، علی کفاشیان در انتخابات تنها ماند و بدون رقیب با خیالی آسوده بر مسند ریاست فدراسیون نشست. همان موقع، بحث درباره اینکه کفاشیان گزینه سازمان تربیت بدنی است و اینکه اگر علی آبادی رئیس فدراسیون نشد، کفاشیان آمده تا برنامه‌های او را اجرا کند، به شکل اخبار پشت پرده در رسانه‌ها منتشر می‌شد.
بعدها، هنگامی که تیم ملی با علی دایی در مقدماتی جام جهانی ناکام بود و با جدایی او هم تیم ملی نتوانست به جام جهانی صعود کند، بهترین گلزن جهان در اقدامی غیرمنتظره دست به افشاگری درباره فدراسیون فوتبال زد. دایی گفت که انتخاب او به‌عنوان سرمربی تیم ملی نه از سوی ریاست فدراسیون که انتخاب رئیس سازمان تربیت بدنی بوده است. او همچنین برکناری‌اش را به تصمیم کفاشیان ربط نداد و معتقد بود: «فدراسیون کفاشیان استقلال ندارد چون او بدون اجازه بالادستی‌ها آب هم نمی‌خورد».
یکی از انتقادهای همیشگی به کفاشیان نداشتن استقلال لازم برای اداره فدراسیون فوتبال بود. چندی پیش نیز مهدی تاج درباره حضور غیرمنتظره علی دایی روی نیمکت تیم ملی گفته بود: «افشین قطبی سرمربی تیم ملی شده بود و قرار بود بعد از مسابقه پرسپولیس و برق شیراز او معرفی شود اما سازمان تربیت بدنی دایی را انتخاب کرد و آقای کفاشیان هم پذیرفت».
بعد از باخت تیم ملی به عربستان و برکناری علی دایی البته فدراسیون بازهم دچار مشکل شد زیرا در آن شرایط حساس، محمد مایلی‌کهن سرمربی تیم ملی شد و این مربی با انتشار بیانیه‌ای علیه مخالفانش سخن گفت و شرایط به‌گونه‌ای شد که مایلی‌کهن بعد از 2هفته از تیم ملی رفت؛ بی‌آنکه حتی یک جلسه تمرین با تیم ملی داشته باشد. این اتفاقات علاوه بر اینکه حاشیه‌های بسیاری را به‌وجود آورد، باعث هدر رفتن زمان برای آمادگی تیم ملی شد. چنین بود که با حضور افشین قطبی هم تیم ملی نتوانست به جام جهانی صعود کند تا ناکامی بزرگ فدراسیون کفاشیان اتفاق بیفتد.
تیم ملی البته در جام ملت‌های آسیا در قطر هم نتوانست موفقیتی به دست آورد. این تیم با مربیگری افشین قطبی گرچه با اقتدار از مرحله گروهی گذشت اما در مرحله یک چهارم نهایی مقابل کره‌جنوبی شکست خورد و از راهیابی به مرحله نیمه نهایی بازماند. البته تیم ملی در دوره‌های قبلی نیز موفقیتی در جام ملت‌ها کسب نکرده بود و بدین‌ترتیب، این ناکامی تنها منوط به دوره مدیریت کفاشیان نبود.
قهرمانی تیم نوجوانان، ناکامی تیم جوانان
در رده تیم‌های پایه تیم نوجوانان ایران یک موفقیت چشمگیر به دست آورد. این تیم با مربیگری علی دوستی در مسابقات آسیایی ازبکستان شرکت کرد و توانست عنوان قهرمانی این مسابقات را کسب کند. تیم دوستی به قدری منسجم بود که مسئولان فدراسیون تصمیم گرفتند همین تیم را با مربیگری دوستی به مسابقات جوانان آسیا بفرستند. این تصمیم البته یکی از سیاست‌های مناسب فدراسیون برای یک تیم موفق بود. با همه اینها، تیم جوانان موفقیت تیم نوجوانان را به دست نیاورد و تیم نوجوانان نیز در چهاردهمین دوره قهرمانی آسیا نتوانست از عنوان قهرمانی خود دفاع کند. با این حال، خیلی‌ها برنامه‌ریزی مناسب برای تیم‌های پایه را یکی از ویژگی‌های فدراسیون کفاشیان عنوان می‌کنند.
سهل‌انگاری در تیم امید
تیم امید ایران از مدت‌ها قبل از آنکه بازی‌های آسیایی گوانجو و مقدماتی المپیک آغاز شود، تشکیل شد و با مربیگری غلامحسین پیروانی قرار بود در مقدماتی المپیک شرکت کند. البته بعد اعلام شد که موفقیت او در بازی‌های آسیایی جواز حضورش در مقدماتی المپیک را صادر می‌کند. جالب آنکه پیروانی برای کسب نتیجه مهدی رحمتی، جلال حسینی و غلامرضا رضایی را از تیم بزرگسالان به تیم امید دعوت کرد. این موضوع با انتقادهای زیادی همراه شد و البته این تیم در گوانجو چهارم شد. تیم امید پس از این رقابت‌ها به دست هومن افاضلی افتاد؛ او به‌عنوان سرمربی موقت تیم امید منصوب شد و بعد از انتقادهای بسیار علیرضا منصوریان سرمربی شد. تیم امید با منصوریان در اربیل، تیم ملی عراق را شکست داد تا امیدواری‌ها برای صعود این تیم بیشتر شود اما ماجرای دو اخطاره بودن کمال کامیابی‌نیا در نهایت باعث حذف تیم امید شد. در این سهل‌انگاری خیلی‌ها علی کفاشیان را مقصر دانستند، درحالی‌که نفراتی چون محمدمهدی نبی، دبیرکل فدراسیون و کادر فنی پیشین تیم امید می‌توانستند مقصر این اتفاق باشند.
کرسی ایران در آسیا
در انتخابات کنفدراسیون فوتبال آسیا کفاشیان که کاندیدای عضویت در کمیته اجرایی کنفدراسیون آسیا بود، به خاطر اینکه شانس نایب رئیس شدن علی سعیدلو را بالا ببرد، از کاندیداتوری انصراف داد. درحالی‌که این کرسی از زمان صفایی فراهانی در اختیار فوتبال ایران بود و دادگان هم در دوران ریاستش در فدراسیون فوتبال، این پست را برای ایران حفظ کرده بود. ماجرا وقتی تلخ‌تر جلوه کرد که فاش شد، محمد بن‌همام (رئیس وقت کنفدراسیون فوتبال آسیا) در سفر خود به تهران به‌طور خصوصی به سعیدلو یادآور شده بود که شانسی برای انتخاب شدن به‌عنوان نایب‌رئیس AFC ندارد و بهتر است در این انتخابات شرکت نکند. او همچنین تاکید کرده بود کفاشیان به احتمال ۹۹ درصد به‌عنوان عضو کمیته اجرایی کنفدراسیون فوتبال آسیا انتخاب خواهد شد. اما کفاشیان بی‌توجه به این توصیه، انصراف داد تا در نهایت سعیدلو هم شکست بخورد و کرسی ایران بعد از سال‌ها از دست برود. این یکی از ناکامی‌های بزرگ فدراسیون فوتبال در کنفدراسیون فوتبال آسیا بود.
درآمدزایی از صدا و سیما
یکی از ویژگی‌های فدراسیون علی کفاشیان برگزاری منظم لیگ برتر بوده است. اگر در فدراسیون‌های قبلی همیشه به نحوه برگزاری و برنامه‌ریزی لیگ برتر ایراد گرفته می‌شد، در 4سال اخیر به برنامه‌ریزی لیگ برتر کمترین ایراد گرفته شده است. البته برخی بر این باورند که فشردگی بازی‌ها باعث مصدومیت بازیکنان می‌شود. با این حال، در فدراسیون کفاشیان روند برگزاری لیگ برتر هر فصل روند روبه رشدی داشته است.
در عین حال، اگر هزینه‌های فدراسیون محمد دادگان از طریق روابط با بازاریان تامین می‌شد و با رفتن دادگان فدراسیون بی‌پول شد، کفاشیان سعی کرد شکل دیگری به درآمدزایی فدراسیون فوتبال دهد. با تلاش فدراسیون و به موازات آن تلاش مجلس شورای اسلامی در زمان مدیریت کفاشیان برای نخستین بار درآمد حق پخش تلویزیونی به فدراسیون فوتبال رسید؛ اتفاقی که خیلی‌ها سال‌ها انتظارش را می‌کشیدند. حالا 4فصلی است که سازمان صدا و سیما بابت پخش تلویزیونی فوتبال مبلغی را به فدراسیون پرداخت می‌کند. بدون تردید اگر کفاشیان در انتخابات رای نیاورد، رئیس بعدی فدراسیون می‌تواند از دریافت حق پخش تلویزیونی مطمئن باشد.
به 2 دلیل به کفاشیان رای می‌دهم
در انتخابات ریاست فدراسیون فوتبال به 2 دلیل از علی کفاشیان حمایت می‌کنم. اگر قرار باشد که به او رای ندهم، مطمئنا به محمدحسین قریب رای نخواهم داد و به عزیز محمدی رای می‌دهم.اینها گوشه‌ای از صحبت‌های امیر عابدینی رئیس اسبق فدراسیون فوتبال است. او معتقد است: مطمئنا گزینه آخرم برای رای دادن قریب خواهد بود. الان خیلی‌ها ممکن است از من ایراد بگیرند که تا دیروز از کفاشیان انتقاد می‌کردم و امروز از او حمایت می‌کنم. درست است که من هنوز هم به فدراسیون علی کفاشیان ایرادهایی را وارد می‌دانم ولی بر این باورم که در فدراسیون فوتبال باید ثبات مدیریتی داشت. یکی از دلایلی که گفتم همین است و دلیل دوم اینکه کفاشیان قرار است در 4سال آینده اشتباهات گذشته را جبران کند.
عابدینی صحبت‌هایش را اینگونه ادامه می‌دهد: اگر 4 سال قبل به‌دلیل تعلیق فوتبال ایران مجبور شدم به کفاشیان رای دهم، امروز با نگاهی دیگر در انتخابات شرکت خواهم کرد زیرا کفاشیان امروز با برنامه می‌آید. در دنیا ثبات مدیریتی باعث پیشرفت فدراسیون‌ها می‌شود و بدین شکل نیست که هر چهار سال یک مدیر وارد فدراسیون فوتبال شود. برای همین است که فوتبال کشورشان توسعه می‌یابد ولی برای فدراسیون فوتبال چنین وضعیتی وجود ندارد. ما نباید مجمع فدراسیون فوتبال را به سمت و سویی ببریم که ماهیت خود را از دست بدهد؛یعنی به اعضای مجمع دیکته کنیم که به چه کسی رای دهند و اینکه چه کسی رئیس شود. با این کار مجمع ماهیت سیاسی پیدا می‌کند.
